Bodegas Arrayán is in 1999 opgericht door ondernemer José María Entrecanales en zijn vrouw Maria Marsans op hun landgoed La Verdosa, dat is gevestigd in Santa Cruz de Retamar in het noordwesten van de provincie Toledo. Het wijnhuis heeft in totaal 33 hectares aan wijngaarden die gelegen zijn op een hoogte tussen de 470 en 980 meter boven de zeespiegel. Alle wijngaarden worden volledig biologisch bewerkt. Hierdoor worden er uiteraard geen chemische producten gebruikt.

Bodegas Arrayán is ontstaan vanuit de droom van José om een wijnbedrijf te hebben waar innovatie in perfecte harmonie samen moet gaan met ecologische wijnbouw, om zo een hoge kwaliteit wijn met een sterke persoonlijkheid te creëren. Hiertoe heeft Bodegas Arrayán de hulp van de gerenommeerde Australische vinoloog Richard Smart ingeroepen. Hij voerde een uitgebreide studie uit met betrekking tot het terrein, de bodem en het klimaat om zo de optimale posities, oriëntaties en rassen te kiezen in overeenstemming met de doelstellingen van de wijnmakerij. Men begon met aanplant van Syrah, Merlot, Cabernet Sauvignon en Petit Verdot in het hoogst gelegen deel van de wijngaard, in harmonie met de steeneiken bomen verspreid over het landgoed.

De eerste jaargang van Bodegas Arrayán ging eind 2003 in de verkoop.

De benoeming van Maite Sánchez als oenoloog in 2009 markeerde een nieuw tijdperk voor het wijnhuis zowel in het proces van het maken van de bestaande wijnen als in het streven naar het toevoegen van autochtone variëteiten in het assortiment.

Sindsdien timmert Bodegas Arrayán flink aan de weg met serieuze wijnen tegen nog zeer acceptabele prijzen. Ook de internationale wijn-critici zoals Parker en Penin zijn zeer lovend over dit fraaie wijnhuis. In juni 2016 werd het wijnhuis gecertificeerd als een biologische wijngaard.

De druiven worden voornamelijk met de hand geoogst, in 20 kg kratten, en vervolgens vervoerd naar de wijnmakerij, die dicht bij de wijngaard gelegen is. De temperatuur van de druiven wordt gehomogeniseerd in een gekoelde trailer alvorens de wijnmakerij wordt bereikt. De trossen worden met de hand gesorteerd en doorgelicht om te zien of ze gezond zijn. Vervolgens worden ze ontsteeld en overgebracht naar kleine fermentatie tanks, gemaakt van roestvrij staal of Frans eiken.

De gisting gebeurt spontaan met natuurlijke gisten van de druiven. Zodra het proces is voltooid, worden de wijnen opgeslagen in stalen of houten vaten, afhankelijk van de wijn, waar ze malolactische gisting ondergaan.